Huánuco är en stad i centrala Peru. Den har en befolkning på 170 588 (1999) och är huvudort i Huánucoregionen och Huánucodistriktet. Staden är också säte för det katolska Huánucostiftet.
Staden Huánuco grundades av den spanske kaptenen och conquistadoren Gómez de Alvarado 1539, på platsen för inkastaden Huánuco Marca
1541, flyttade staden Huánuco till sin nuvarande plats i Pillcodalen.
Huánuco hade en viktig roll i Perus kamp för självständighet och i kriget emot Chile. I Huánuco, organiserades många bataljoner med motståndsmän och bergsjägare som kämpade emot chilenarna i Breñakampanjen. De mest framstående av dessa gerillagrupper kommenderades av översten Leoncio Prado.
Staden betjänas av flygplatsen Alf. FAP David Figueroa F. Airport.